void HAL_TIM_PeriodElapsedCallback(TIM_HandleTypeDef *htim)
{
  if(htim->Instance == TIM2) //100кГц
      {
      if (t>0) t--;
      }

//в главном цикле вызывается бесконечно эта функция:
void func(...)
{
if (t > 0) return; //выжидаем заданное число десятков микросекунд

t=1;
//сюда переходим каждые 10 микросекунд, за исключением первого раза когда таймер не синхронизирован с моментом присвоения t

}